第二季开篇，超级少女卡拉·佐-艾尔击败了上一季的敌人，但和平并未到来。一个自称“氪星清算者”的神秘组织在全宇宙追杀幸存的氪星后裔，他们的目标是彻底抹除氪星文明的一切痕迹。地球成为下一个目标。卡拉不仅要保护自己的队友和养父母，还要面对来自同胞的误解：许多幸存氪星人认为正是她的高调曝光才引来了追杀。在失去部分超能力的情况下，卡拉被迫与地球军方合作，甚至要接受被研究、被限制的屈辱条件。与此同时，她的表弟卡尔（超人）因宇宙危机无法支援。卡拉必须在没有退路的情况下，挖掘出自己不同于超人的战斗方式——更多的谋略、更狠的决心。
第二季成功摆脱了“超人附属品”的阴影，让卡拉真正独立。剧情更加黑暗和成人化，动作设计升级，尤其是对超级英雄身份焦虑的刻画非常到位。配角们的支线也更有趣。
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